przez najazd Mongołów oraz przez najazd Szwedów w XVII w..
Mocą zawartego ze Stolicą Apostolską konkordatu wschowskiego w 1737 roku królowie Polski mieli prawo mianować tutaj opatów komendatoryjnychHistoria Kościoła w Polsce, t. 1, cz. 2, Poznań-Warszawa 1974, s. 431..
Gościli tu władcy tacy jak książę Bolesław V Wstydliwy i jego żona św. Kinga, królowie Kazimierz III Wielki (z jego pomocą rozbudowano krużganki klasztorne), Władysław II Jagiełło z królową św. Jadwigą. Bywali tu także Zygmunt I Stary oraz królowa Bona z synem Zygmuntem II Augustem, Stefan Batory, Maksymilian III Habsburg, Zygmunt III Waza, Michał Korybut Wiśniowiecki, car Aleksander I Romanow i jego brat wielki książę Konstanty.
Zaś z ludzi kultury, sztuki i nauki: Jakub z Paradyża, Andrzej Gałka, Stanisław Samostrzelnik, Tomasz Dolabella, Wojciech Bogusławski, Cyprian Kamil Norwid, Jan Matejko, Józef Szujski, Władysław Łuszczkiewicz, Witold Pruszkowski, Adam Chmielowski, Stanisław Wyspiański.
Od powstania klasztoru po dziś dzień jego gospodarzami są cystersi.
W kościele opackim (od 1970 mającym status bazyliki mniejszej) znajduje się kaplica Krzyża Świętego.