Od 1 września 1941, przed przystąpieniem Japonii do II wojny światowej, został dowódcą 2. Floty (również po wiceadm. Kodze). Pod jego dowództwem 2. Flota przeprowadziła inwazje na Malaje, Filipiny i Holenderskie Indie Wschodnie. Był przeciwny operacji zajęcia Midway, której skutkiem była klęska Japonii w bitwie pod tą wyspą. Podczas niej Kondō dowodził zespołem desantowym i wsparcia ogniowego. 2. Flota pod jego dowództwem wzięła też udział w walkach w rejonie Wysp Salomona i Guadalcanalu – lotniczo-morskich bitwach koło Wschodnich Salomonów w sierpniu 1942 i koło wysp Santa Cruz w październiku 1942 oraz drugiej bitwie pod Guadalcanalem 14/15 listopada 1942. Podczas tego ostatniego starcia osobiście dowodził pancernikiem „Kirishima” oraz zespołem krążowników, walcząc z pancernikami US Navy. Walkę przegrał, tracąc „Kirishimę”.
2. Flotą dowodził do 9 sierpnia 1943, kiedy to objął stanowisko doradcy Marynarki Wojennej w Ministerstwie Marynarki. Od 1 grudnia 1943 był szefem sztabu Floty Obszaru Chin, po czym od 15 maja 1945 ponownie doradcą Marynarki Wojennej.