Dolna część doliny jest porośnięta lasem.
Poniżej Mącznych Skał znajduje się leśny rezerwat przyrody Dolina Kluczwody, ochraniający głównie las grądowy, buczynę karpacką, lilię złotogłów oraz krajobraz. Zajmuje powierzchnię ok. 35 ha.
W dolinie znajduje się tu kilkuarowe, reliktowe stanowisko ciepłolubnej buczyny naskalnej (Carici-Fagetum) zwane też buczyną storczykową. W wilgotnej części doliny zachowały się nieduże płaty wielogatunkowych łęgów. Wśród 500 gatunków roślin można zaobserwować 130 gatunków kserotermicznych. Zarejstrowano 17 roślin ściśle chronionych oraz 8 podlegających ochronie częściowej.
Wzdłuż płynącego doliną potoku w czasie zaborów przebiegała granica austriacko–rosyjska. Przy wejściu do górnego końca doliny ustawiono po obu stronach zrekonstruowane słupy graniczne.
Szlaki turystyczne – czarny z Modlnicy przez Tomaszowice i całą długość Dolinę Kluczwody do Jaskini Wierzchowskiej. (zlikwidowany po przegrodzeniu przez właściciela wejścia do Doliny Kluczwody od strony miejscowości Gacki) – niebieski z Bolechowic przez Gacki, Dolinę Kluczwody do Prądnika Korzkiewskiego.