Po uzgodnieniu z siłami białych i ententą, na początku 1919 oddziały czechosłowackie zaczęły wycofywać się z pozycji w rejonie Uralu i przeszły do ochrony linii komunikacyjnych na Syberii, w dalszym ciągu uczestnicząc w walkach z oddziałami czerwonej partyzantki i pościgach za nią (w maju aż do granicy mongolskiej). Najcięższe walki toczyły się w 1919 w rejonie Mariińsk-NiżnieudinskD. Bullock, op.cit., s. 33..
W październiku 1919 prezydent Czechosłowacji Masaryk zarządził wycofanie korpusu do kraju (w tym czasie również inne armie ententy rozpoczęły ewakuację z Rosji, a białe siły admirała Kołczaka poniosły serię porażek i znalazły się w odwrocie)D. Bullock, op.cit., s. 34.. Pod koniec 1919 i na początku 1920 roku Korpus zaczął wycofywać się koleją transsyberyjską do Władywostoku. Również wycofujący się pociągiem admirał Kołczak abdykował 4 stycznia 1920 pod naciskiem ententy, po czym 7 stycznia sprzymierzeni powierzyli go pod opiekę 6 Pułkowi Piechoty, wraz z wiezionymi przez niego rezerwami złota. Jednakże w zamian za zapewnienie swobody ewakuacji przez rejon Irkucka oraz Bajkału, dowództwo Korpusu w porozumieniu z gen. Janinem wydało admirała Kołczaka oraz carskie rezerwy złota rządowi eserowsko-mienszewickiemu (Ośrodek Polityczny – Politcentr) w Irkucku.