Po raz ostatni imię Franciszka Skaryny wspomniane zostało w dokumencie datowanym na 4 października 1535 roku. Około 1535 roku Skaryna przeprowadził się do Pragi, gdzie wstąpił na służbę do Ferdynanda I Habsburga jako jego osobisty lekarz, naukowiec i sadownik. Zmarł w Pradze w latach czterdziestych XVI wieku.

Na uczelni krakowskiej zapisano go jako Litwina (Lithanus), co oznaczało jego pochodzenie państwowe – z Wielkiego Księstwa Litewskiego, w Padwie jako Rusina (Ruthenus), a w Pradze jako Rusa (Rus), co określało jego pochodzenie etniczne. Polem jego działania było Wielkie Księstwo Litewskie. W 1530 roku jedzie do Moskwy, biorąc ze sobą spory zapas wydrukowanych przez siebie Biblii. Zamierza otworzyć tam religijny zakład wydawniczy, co kończy się jednak niepowodzeniem: przywiezione książki zostają mu odebrane i spalone.

Wyznacznikiem „ruskości” była dla niego nie wiara, ale język ruski. Skaryna podkreślał, że wydał swoje księgi dla ludzi pospolitych języka ruskiego, a jego Biblia była przeznaczona dla wszystkich chrześcijan posługujących się nim, bez względu na to, jakiego byli wyznania.