Mainwaring, będąc człowiekiem o akademickim wykształceniu, o wiele lepiej od Drake’a zaaklimatyzował się w roli dworzanina. Jednocześnie, na prośbę króla, zabrał się energicznie za oczyszczanie kanału La Manche ze swoich dawnych sprzymierzeńców – piratów berberyjskich. Jako Lieutenant of Dover Castle i Deputy Warden of the Cinque Ports (Kasztelan zamku w Dover i Powiernik Pięciu Portów) dowodził obroną angielskiego wybrzeża, odbudowując zarówno zrujnowane fortyfikacje, jak i cały system obronny, który dosłownie leżał w gruzach. Podobno w czasie jednej z inspekcji w beczce, w której miał znajdować się proch, znalazł... popiół. Oburzony krzyknął: „To już moi piraci byli uczciwsi!”.
Jednocześnie ujawnił swój talent literacki pisząc pamiętniki i rozprawy z zakresu żeglarstwa, a także historii i taktyki zwalczania piractwa.
Smutny koniec W 1646 roku, w czasie wojny domowej, stanął po stronie króla przeciw Cromwellowi, za co zapłacił wygnaniem wraz z królewiczem Karolem, na wyspę Jersey. Zmarł tam w ubóstwie w 1651 roku.
Pochowany został w bezimiennym grobie w kościele St. Giles w angielskim Camberwell.