12 czerwca 2004 miało miejsce poświęcenie bazyliki, jako Wotum Kościoła Katolickiego na Wielki Jubileusz Narodzenia Chrystusa. Pierwszym kustoszem sanktuarium i proboszczem tamtejszej parafii został ks. Eugeniusz Makulski. Następnie funkcję kustosza pełnił ks. Wiktor Gumienny MIC, a od 25 sierpnia 2018 ks. dr Janusz Kumala MIC. Od 25 sierpnia 2023 jest ks. Sławomir Homoncik MIC. Proboszczem był ks. Henryk Kulik MIC, następnie ks. Rafał Krauze MIC, a od 1 grudnia 2024 ks. Roman Frąckowiak MIC.
Podziemia kościoła W dolnej części świątyni znajdują się kaplice: kaplica św. Trójcy – najstarsza z kaplic i zarazem pierwsze w całym kościele miejsce, w którym odbywały się nabożeństwa. Została oddana do użytku w czerwcu 1996. kaplica 108 błogosławionych męczenników – duża kaplica z obrazem Pana Jezusa wśród 108 błogosławionych męczenników w głównym ołtarzu, który był zawieszony w centralnym miejscu podczas beatyfikacji ofiar II wojny światowej 13 czerwca 1999 w Warszawie. Została uroczyście poświęcona 9 czerwca 2001 przez biskupa włocławskiego Bronisława Dembowskiego. Kaplica Piety – centralne miejsce zajmuje rzeźba bolejącej Matki, trzymającą swego syna Jezusa Chrystusa (autorstwa Marcina Ziemnickiego).