Pod koniec wojny używane były również przez jednostki kamikaze.
Od marca 1944 roku wprowadzano samoloty odmiany Model 11 kō (w literaturze: E13A1a)Według starszych źródeł wersja E13A1a różniła się ulepszoną radiostacją, a wersja z radarem oznaczona była E13A1b () wyposażone w morski radar poszukiwawczy. Operator radaru zajmował miejsce w trzeciej kabinie, a obserwator pełnił też obowiązki radiotelegrafisty.
Od listopada 1944 roku wprowadzano samoloty odmiany Model 11 otsu (w literaturze: E13A1b), wyposażone w detektor anomalii magnetycznych, używane do wykrywania i zwalczania okrętów podwodnych. Operator detektora zajmował również miejsce w trzeciej kabinie, a obserwator pełnił obowiązki radiotelegrafisty.
1 września 1945 roku według japońskiego zestawienia na stanie lotnictwa Marynarki Wojennej było 201 E13A1, nie wiadomo jednak, czy dotyczyło to wszystkich samolotów, czy tylko sprawnych.
Sześć samolotów podczas wojny było przekazanych lotnictwu morskiemu Królewskiej Marynarki Wojennej Tajlandii (trzy w 1942 i trzy w 1944 roku). Otrzymały one oznaczenie BRN.3 i używane były do 1948 roku. Jeden z nich został zniszczony w nocy 24/25 lipca 1944 roku przez lotnictwo amerykańskie.