Duran wierzył, iż był on pierwowzorem dla azteckiego boga Quetzalcoatla.
W swojej działalności duchowej Duran stawał w obronie praw Indian, niejednokrotnie krytykując poczynania Hiszpanów, konkwistadorów. Głosił, iż do poznania narodu nie wystarcza poznanie podstawy języka ale potrzebne jest zrozumienie ich kultury, obrzędów a zwłaszcza obyczajów. Przez swoje poglądy często był krytykowany przez swoich braci zakonu. Sam stał pomiędzy organizacjami rządowymi, które popierał a tubylcami, do których pałał miłością i zrozumieniem. Franciszkanin wierzył, że jego obowiązkiem jest niesienie wiary i ewangelii a również udokumentowanie kultury Meksyku by inni szerzący Słowo Boże potrafili dotrzeć do serc Indian.
W 1585 Duran powrócił do klasztoru Santo Domingo i tam pracował jako tłumacz z języka Nahuatl na hiszpański. Zmarł w 1588 strawiony nieznaną chorobą.