Częste są wypadki samookaleczeń i próby samobójcze wśród więźniów – trzy z nich, w czerwcu 2006, były skuteczne.
Sytuacja w Guantanamo stała się powodem licznych protestów światowych organizacji zajmujących się ochroną praw człowieka. Zamknięcia Guantánamo domagali się między innymi: Bill Clinton, Jimmy Carter, byli sekretarze ONZ Kofi Annan i Ban Ki-moon, prezydent Rosji Władimir Putin, kanclerz Angela Merkel, a także Parlament Europejski, Rada Europy i Komitet Przeciwko Torturom ONZ. Również Międzynarodowy Czerwony Krzyż, który wizytuje miejsce zatrzymania, publicznie skrytykował sytuację prawną, w jakiej znajdują się zatrzymani. W protestach uczestniczą także byli więźniowie Guantanamo, którzy po uwięzieniu okazali się nie mieć żadnych związków z terroryzmem. Większość została wydana Amerykanom przez afgański Sojusz Północny lub PakistanAmnesty International, " Pakistan sells 'terror suspects' to USA", Listopad 2006, ., za pieniądze lub w wyniku sąsiedzkich waśni. W Guantanamo nadal więzi się kilku nieletnich – najmłodszy miał 13 lat w momencie przybycia do bazy.
22 stycznia 2009 prezydent USA Barack Obama nakazał zamknięcie więzienia w Guantanamo w ciągu jednego roku, jednak tego nie dokonanopolskieradio.pl, artykuł 83224..