Był dowódcą batalionu i szkolił oficerów rezerwy.
Po rozpoczęciu okupacji Czech przez Niemców i powołaniu marionetkowego Protektoratu Czech i Moraw na krótko zaangażował się w działalność konspiracyjnej organizacji Obrona Narodu. Jako zagrożony aresztowaniem Gestapo w czerwcu 1939 nielegalnie przedostał się do Polski. Został mianowany zastępcą dowódcy Legionu Czechów i Słowaków, utworzonego z żołnierzy czeskich i słowackich, walczącego przeciw Niemcom podczas kampanii wrześniowej.
II wojna światowa Po klęsce wrześniowej znalazł się w Związku Radzieckim, gdzie został internowany. Od 1942 był organizatorem i dowódcą jednostek czechosłowackich formowanych w ZSRR, walczących na froncie wschodnim u boku Armii Czerwonej przeciwko Niemcom. Został dowódcą, kolejno: 1 Czechosłowackiego samodzielnego batalionu polowego, 1 Czechosłowackiej Samodzielnej Brygady oraz od września 1944 I Czechosłowackiego Korpusu Armijnego. W grudniu 1943 Svoboda został awansowany przez emigracyjnego prezydenta Czechosłowacji Edvarda Beneša do stopnia generała brygady.
Jesienią 1944 dowodził oddziałami czechosłowackimi podczas ofensywy dukielskiej. Następnie walczył na Słowacji i na Morawach.
Okres powojenny W maju 1945 otrzymał awans na generała dywizji, a w sierpniu generała armii.