Poświęcił się też interwencjom na rzecz rehabilitacji niesprawiedliwie prześladowanych żołnierzy.
30 marca 1968 objął urząd prezydenta Czechosłowacji w miejsce skompromitowanego Antonína Novotnego. Stało się to na wniosek I sekretarza KPCz Alexandra Dubčeka. Jako prezydent nie miał wielkiego wpływu na politykę, jednak popierał program reform liberalizujących ustrój kraju, opowiadał się też za rehabilitacją osób niesłusznie skazanych w latach 50., zwłaszcza bojowników ruchu oporu podczas okupacji niemieckiej.
22 marca 1973 ponownie został wybrany na urząd prezydenta. Nasilały się jednak problemy zdrowotne generała. W maju 1975 został usunięty ze stanowiska dzięki noweli konstytucyjnej, pozwalającej obrać nowego prezydenta w przypadku niemożności wypełniania funkcji przez dotychczasowego. Zastąpił go wtedy Gustáv Husák.
Pochówek Pochowany został z wojskowymi i państwowymi honorami, w otoczeniu tysięcy ludzi, którzy przyszli go pożegnać jako bohatera narodowego. Urna z jego prochami została umieszczona w Narodowym Miejscu Pamięci na Žižkovie w Pradze.