Dolne Miasto powstało w XVII w. na tzw. Świńskich Łąkach, które od 1346 roku należały do gdańskich rzeźników. Teren dzisiejszej dzielnicy uzyskał swój ostateczny kształt pomiędzy rokiem 1576 a 1638. W roku 1576 przekopano koryto rzeki Nowej Motławy, a w 1638 roku zakończono wznoszenie fortyfikacji miejskich. Zbudowane w latach 1623–1638 wg projektu Korneliusza van den Boscha, ziemnowodne fortyfikacje bastionowe typu holenderskiego, przetrwały w dużej części jako bastiony: Wilk, Wyskok, Miś, Królik i Ogrodowy. Obecnie stanowią bardzo urokliwą, parkową część Dolnego Miasta.
Dolne Miasto zostało przyłączone w granice administracyjne miasta w XVII wieku.
Układ kanałów powstał wg planów sporządzonych w 1650 roku przez Georga Telliora, które zakładały osuszenie nisko położonego terenu poprzez wykopanie 4 kanałów poprzecznych i 3 równoległych do Nowej Motławy. Realizacja przedsięwzięcia nastąpiła w latach 1687–1700. Dostęp do polderów zapewniono dzięki budowie pomiędzy groblami kilkudziesięciu mostków. W miarę osuszania gruntów, zbyteczne kanały sukcesywnie zasypywano. Do roku 1843 zasypano większość kanałów, obsadzając je dwoma rzędami drzew. Najczęściej był to jarząb szwedzki, drzewo dobrze znoszące wysoki poziom wód gruntowych.