Po nadaniu klucza operator ustawiał wirniki maszyny w pozycji EIN i rozpoczynał wpisywanie wiadomości do zaszyfrowania. Na nieszczęście Niemców konstrukcja sześcioznakowego nagłówka, w której pojawiał się dwa razy ten sam trzyznakowy ciąg stała się największą słabością Enigmy i pozwoliła określić cykl powtarzania się znaków. Rejewski wiedział, że niezakodowane pary znaków: pierwszego i czwartego, drugiego i piątego, oraz trzeciego i szóstego są takie same. Wiedza ta stała się kolejnym krokiem do złamania szyfru Enigmy.