W 2002 roku Enyimba ponownie została mistrzem Nigerii będąc niemal poza konkurencją innych klubów. W 2003 jako mistrz kraju wystartowała w Lidze Mistrzów i została pierwszym od 38 lat klubem, który tego dokonał. Trenerem Enyimby był wówczas Kadiri Ikhana. W drodze do finału Enyimba pokonała w pierwszej rundzie Satellite FC Guinea z Gwinei 3:0 i 5:2 oraz w drugiej ASC Jeanne D'Arc z Senegalu 4:0 i 0:0. Po losowaniu grup w Kairze Enyimba trafiła do grupy A, w której zagrała z drużynami Simba SC z Tanzanii, ASEC Mimosas oraz Ismaily SC z Egiptu. Najpierw wygrała 3:0 z Simbą, następnie przegrała aż 1:6 z Ismaily. Po tej porażce zespół grał lepiej i dwukrotnie pokonał ASEC - 3:1 u siebie oraz 2:0 na wyjeździe. Kolejny mecz z Simbą Enyimba przegrała 1:2, ale pokonała u siebie Ismaily 4:2 i zajęła pierwsze miejsce w grupie. W półfinale zespół z Aby zremisował 1:1 w pierwszym meczu z Union Sportive du Medina z Algierii, a w rewanżu u siebie wygrał 2:1 i awansował do finału. Tam spotkał się z Ismaily, niedawnym rywalem z grupy. Pierwszy mecz Nigeryjczycy wygrali 2:0, w rewanżu przegrali 1:0 ale to oni zostali ostatecznym zwycięzcą Afrykańskiej Ligi Mistrzów.