14 lipca 2016 roku podpisał kontrakt z tureckim klubem Fenerbahçe SK za 5 milionów funtów. W ciągu trzech lat występów w stołecznym klubie uzbierał 79 występów ligowych, zdobywając w nich 6 bramek. Po nieudanym sezonie 2018/2019 w którym Fenerbahçe nie zakwalifikowało się do europejskich pucharów opuścił drużynę z Turcji zostając piłkarzem Atalanta BC. Po zaledwie trzech tygodniach kontrakt z włoskim klubem został rozwiązany za porozumieniem stron. Škrtel przyznał, że nie był w stanie zaadaptować się w nowym środowisku, a dodatkowo niezbyt odpowiadał mu styl gry Atalanty.
2 września 2019 roku ogłoszono powrót Škrtela do Turcji, gdzie został piłkarzem İstanbul Başakşehir. W sezonie 2019/2020 został mistrzem Turcji z tym klubem. W sierpniu 2021 roku przeszedł do słowackiego klubu Spartak Trnawa. 18 maja 2022 roku ogłosił zakończenie piłkarskiej kariery z powodu problemów zdrowotnych.
Statystyki Aktualne na dzień 15 maja 2015 r.
Dane dotyczące gry w Ozecie Dukli/Laugaricio Trenčín są niepełne. Dane dotyczące pucharu Rosji, który rozgrywany jest (w przeciwieństwie do ligi) systemem jesień-wiosna, zostały umieszczone w rubryce pierwszego z lat (np.