W 2010 roku znalazł się w kadrze na Mistrzostwa Świata. Na turnieju zagrał we wszystkich spotkaniach Słowaków, w tym sensacyjnej wygranej 3:2 nad Włochami broniącymi tytułu. Dzięki tej wygranej Słowacy awansowali do 1/8 finału, a Włosi pożegnali się z turniejem. W eliminacjach do Mistrzostw Europy 2016 był kapitanem drużyny, która pokonała między innymi obrońców tytułu Hiszpanów i zakwalifikowała się na turniej. Na turnieju finałowym Škrtel rozgrał wszystkie spotkania, a Słowacja odpadła z turnieju w 1/8 finału.
13 października 2018 roku w meczu Ligi Narodów przeciwko Czechom wystąpił po raz 100. w meczu reprezentacji. 22 lutego 2019 roku wraz z kolegami z drużyny Tomášem Hubočanem i Adamem Nemecem ogłosili zakończenie występów w reprezentacji. 13 października 2019 roku w towarzyskim meczu przeciwko Paragwajowi rozpoczął mecz w wyjściowym składzie i w 30. minucie został zmieniony przez Denisa Vavro w ramach pożegnania z kadrą.
Osiągnięcia Indywidualne: Najlepszy piłkarz Słowacji: 2007, 2008, 2011, 2012
Liverpool F.C.: Puchar Ligi Angielskiej: 2012
Zenit St Petersburg: Mistrzostwo Rosji: 2007