Ich członkowie byli umundurowani w mundury armii estońskiej lub organizacji Kaitseliit, często z opaską na rękawie "Im Dienst der Deutschen Wehrmacht" ("W Służbie Niemieckiego Wehrmachtu").
W celu zwiększenia militarnych możliwości do Omakaitse została włączona organizacja Teekaitse, która ochraniała zakłady przemysłowe oraz pełniła służbę porządkową w obozach jenieckich. Omakaitse miało sekcję kobiecą pod nazwą Naiskodukaitse. Jej zadaniem było pełnienie zadań zaopatrzeniowych, pomocniczych, sanitarnych, udzielanie pomocy rannym żołnierzom niemieckim itp.
Wobec zbliżania się Armii Czerwonej do granic Estonii w lutym 1944 r. została ogłoszona powszechna mobilizacja. Z części zmobilizowanych mężczyzn sformowano Bojowy Pułk Omakaitse (Omakaitse lahingurügement) w składzie czterech batalionów, każdy liczący ok. 500 ludzi. Wkrótce przemianowano go na Pułk "Tallinn" (Rügement "Tallinn") pod dowództwem mjr. Rubacha, a dotychczasową liczbę batalionów zmniejszono do trzech. Został on następnie wysłany na front w rejon Narwy, gdzie każdy batalion walczył oddzielnie, przydzielony do różnych niemieckich dywizji piechoty. Pułk ostatecznie rozwiązano w kwietniu 1944 r., a większość żołnierzy przeniesiono do estońskich jednostek Waffen-SS.