Vik i Lajunen zdominowali sezon 1999/2000. W dziewiętnastu rozegranych konkursach indywidualnych Fin czternaście razy stawał na podium, o jeden raz więcej niż Norweg i to on zdobył Puchar Świata, wyprzedzając Vika o zaledwie 45 punktów. Wygrał aż osiem zawodów, a jego największy rywal najlepszy był pięciokrotnie. W lecie 2000 roku wystartował w trzeciej edycji Letniego Grand Prix w kombinacji norweskiej, zajmując w klasyfikacji końcowej drugie miejsce za Felixem Gottwaldem z Austrii. W czterech konkursach indywidualnych Lajunen raz stanął na podium - 30 sierpnia w Oberhofie był najlepszy w Gundersenie. W pozostałych startach był dwukrotnie czwarty, a ostatnie zawody cyklu ukończył na 24. pozycji. Kolejny sezon w wykonaniu Fina był nieco słabszy. Cztery razy stanął na podium zawodów pucharowych, ale nie zdołał żadnego z konkursów wygrać - był trzykrotnie drugi, a raz zajął trzecie miejsce. W klasyfikacji generalnej był piąty, a w klasyfikacji sprinterskiej zajął czwartą pozycję, 43 punkty za Kristianem Hammerem z Norwegii. Na mistrzostwach świata w Lahti w 2001 razem z Mantilą, Manninenem i Jaakko Tallusem zdobył brązowy medal w sztafecie. Finowie ulegli tylko Norwegom i Austriakom, tracąc do pierwszych 19,4 sekundy, a do drugich 8,5 sekundy.