W konkursie metodą Gundersena po skokach zajmował trzecie miejsce i do biegu przystąpił ze stratą 53 sekund do prowadzącego Tallusa. W biegu wyprzedził zarówno Tallusa jak i drugiego po skokach Mario Stechera i na mecie stawił się pierwszy, o 24,7 sekundy przed swym rodakiem. W skokach do sprintu Lajunen osiągnął najlepszą odległość - 126,5 metra. Prowadzenia wywalczonego w skokach nie oddał już do końca biegu, zdobywając tym samym swój trzeci złoty medal. Jest pierwszym w historii zawodnikiem, który na jednych igrzyskach zdobył trzy złote medale w kombinacji norweskiej. W 2002 został także wybrany sportowcem roku w Finlandii.
Piątą edycję LGP Fin ukończył na dziesiątej pozycji. W żadnym z konkursów nie stanął na podium, ale z reprezentantów Finlandii osiągał najlepsze wyniki. Sezon 2002/2003 przyniósł mu kolejne piąte miejsce w klasyfikacji generalnej. Czterokrotnie stawał na podium, odnosząc dwa zwycięstwa: 14 grudnia 2002 w Harrachovie był najlepszy w Gundersenie, a 8 stycznia 2003 w Ramsau wygrał sprint. Podczas mistrzostw świata w Val di Fiemme w 2003 Finowie w składzie: Hannu Manninen, Jouni Kaitainen, Jaakko Tallus i Samppa Lajunen zdobyli brązowy medal w zawodach drużynowych. Trzecie miejsce zajmowali już po skokach, tracąc około minuty do wyprzedzających ich Austriaków i Niemców.