Etap ten ukończono w sierpniu, a we wrześniu Marad Design i Pesa efekty dotychczasowej pracy zaprezentowały zamawiającemu. Po uzgodnieniach przystąpiono do tworzenia ostatecznego projektu. W listopadzie 2005 zakończono prace dotyczące wzornictwa, zaś ostatnie ustalenia związane z wyposażeniem wnętrza miały miejsce w lutym 2006. Szkielet nadwozia został wykonany w Sanoku przez Autosan.
Mimo że zamówiona została jednostka trójczłonowa, Pesa pierwotnie wykonała na własny koszt skład czteroczłonowy. Celem tego działania była możliwość przeprowadzenia testów związanych z następnym zamówieniem na czteroczłonowe EZT dla PKP Przewozów Regionalnych i równoczesne zmniejszenie kosztów uzyskania homologacji dla pojazdów z obydwu tych zamówień. Podczas testów prototypowa czteroczłonowa jednostka typu 16WE nosiła oznaczenie ED74-01.