Było to spowodowane wzrostem liczby młodzieżowców i w przyszłości spowodowało dominację tej sekcji nad innymi.
W 1992 drużyna piłkarska seniorów po raz kolejny awansowała do III ligi, w której utrzymała się przez 5 lat. Do spadku, już jako WKS Gryf Wejherowo doszło w wyniku reformy systemu rozgrywkowego, jednak rok później wejherowianie wywalczyli mistrzostwo i powrócili do poprzedniej klasy. W 1995 doszło także do odłączenia lekkoatletów i utworzenia KS Wejher Wejherowo.
W ostatnim roku XX wieku członkowie klubu wywalczyli awans do superligi sekcji kręglarskiej. W Gryfie poza dwoma wcześniej wymienionymi istniał także trzeci oddział – brydż sportowy, który w 2000 awansował z klasy okręgowej do III ligi. Zostały one rozwiązane z powodu wysokiego zadłużenia dwa lata później.
Od roku 2004 do roku 2006 prezesem wejherowskiego klubu był Roman Necel, od 2006 roku do 2014 Rafał Szlas. Po roku od tej zmiany w zarządzie główny zespół piłki nożnej spadł z IV na piąty szczebel rozgrywek, by w roku następnym ponownie awansować (2006), a w 2009 wraz z Chojniczanką Chojnice przedostać się do nowej III ligi grupy pomorsko-zachodniopomorskiej.