Druga orbita Wraz z minięciem Przylądka Canaveral, Friendship 7 rozpoczął drugą orbitę. Kontroler lotu zauważył, że „Segment 51”, czujnik w systemie lądowania statku, przesyła dziwne odczyty. Według odczytu osłona termiczna i podwozie poduszkowe nie miały stałej pozycji. Gdyby tak było, oznaczałoby to, że osłona termiczna jest umocowana do statku wyłącznie przez metalowe taśmy łączące je z tzw. ładunkiem wstecznym, czyli systemem rakiet hamujących używanych przy lądowaniu. Kontrola lotu nakazała wszystkim stacjom śledzenia monitorować odczyty z czujnika „Segment 51” i zwrócić uwagę astronaucie, że przełącznik otwarcia podwozia poduszkowego powinien być w pozycji „wyłączone”.
Glenn nie zorientował się w istnieniu problemu do momentu, gdy każda mijana stacja śledzenia prosiła go o upewnienie się, że przycisk otwarcia podwozia poduszkowego jest wyłączony. Tymczasem statek przelatywał nad Atlantykiem. Astronauta zajęty był ręcznym sterowaniem statkiem i staraniem się, by wypełnić jak najwięcej z zadań przewidzianych w czasie lotu.