Muzeum Narodowe w Lublinie, Muzeum Narodowe we Wrocławiu, Muzeum Historii Żydów Polskich w Warszawie.
Ministerstwo sprawuje także bezpośredni nadzór nad muzeami okręgowymi, które z kolei sprawują nadzór nad merytoryczną działalnością pozostałych muzeów samorządowych i społecznych działających na terenie okręgu: w województwie, np. Muzeum Śląska Opolskiego w Opolu lub w regionie, np. Muzeum Okręgowe Ziemi Kaliskiej w Kaliszu. Muzea okręgowe prowadzone są i finansowane przez samorząd województwa.
Obok muzeów finansowanych z budżetu państwa lub województwa istnieją także: muzea powiatowe, np. Muzeum im. Jana Kasprowicza w Inowrocławiu muzea gminne, np. Muzeum Miasta Ostrowa Wielkopolskiego muzea społeczne, np. Społeczne Muzeum Ziemi Tłuszczańskiej w Tłuszczu muzea prywatne, np. Prywatne Muzeum Motoryzacji i Techniki w Otrębusach muzea kościelne, np. Muzeum Archidiecezjalne we Wrocławiu.
Korzystają one niekiedy z subwencji ministerialnych lub wojewódzkich, ale główny ciężar utrzymania placówek spoczywa na jednostkach prowadzących.