W końcu połączonym siłom powstańców i protestanckich mieszkańców miasta udało się zdobyć Freistadt.
W tym czasie inne oddziały chłopskie atakowały Linz. Jednak już pierwszego dnia oblężenia w czasie zawieszenia broni postrzelony został Stefan Fadinger. Podłamało to mocno chłopów, którzy wierzyli, że zbroja ich dowódcy jest kuloodporna. Około dwa tygodnie później Fadinger nabawił się zakażenia krwi, co było wynikiem źle przeprowadzonej opieki lekarskiej.
Oczekiwana przez chłopów pomoc ze strony cesarza w Wiedniu nie nadchodziła. Sześciu wyznaczonych posłańców, nie zostało w ogóle dopuszczonych przed oblicze władcy. Tymczasem Bawarczycy wysyłali już swoje oddziały do górnej Austrii. Dunajem wysłano amunicję i około 340 muszkieterów, którzy przerwali blokadę na rzece w okolicy Neuhaus. Podczas starcia z powstańcami w rejonie Urfahr, zabity został Christoph Zeller. Samo oblężenie miasta zakończyło się w dniu 29 września. Bawarczykami dowodził generał Gottfried Heinrich von Pappenheim, wyznaczony przez Maksymiliana do odzyskania utraconych terenów. Nawet po jego śmierci, szala zwycięstwa nie przechyliła się na żadną ze stron. W końcu wsparte oddziałami Habsburgów wojska bawarskie odzyskały Freistadt, a wielu chłopów dostało się do niewoli.