Niezachowane u holotypu amargazaura zęby, u innych Diplodocimorpha miały kształt ołówkowaty, a już autorzy opisu amargazaura uznawali zęby dikreozaurydów za przypominające zęby diplodoków. Również u jaszczura z Amarga występowały więc zęby o kształcie kołków, jak u dikreozaura, diplodoka czy apatozaura. Zęby te były smukłe, długie, nieznacznie zakrzywione w stronę językową. Powierzchnia służąca rozdrabnianiu pokarmu była w przednich zębach owalna czy okrągła, nachylona pod kątem od 10 do 40° do osi wargowo-językowej. Na zębach bocznych powierzchnia ta jest owalna, zwrócona językowo. Korona płynnie przechodziła w korzeń.
Diplodocimorpha charakteryzowały się brzusznie przesuniętą potylicą. Kłykieć potyliczny amargazaura, tworzony w znacznej mierze przez wydłużoną kość potyliczną podstawową, której połączone guzy również odróżniają amargazaura od krewnych, przyjmuje kształt zbliżony do sferycznego.
Budowa szyi implikowała stałe pionowe ustawienie głowy amargazaura, dopiero pierwszy z kręgów szyi przyjmował ułożenie bliskie poziomemu.