Freeman został przez G-Mana przeniesiony w stan „zawieszenia”.
Według kanonu gry Half-Life Gordon albo zgodził się na propozycję G-Mana, albo nie miał w tej kwestii realnego wyboru. Gra Half-Life 2 zaczyna się w momencie, gdy G-Man uwalnia Freemana z „zawieszenia” i umiejscawia w pociągu zmierzającym do Miasta 17 w nieokreślonym czasie po incydencie w laboratoriach Black Mesa. Oficjalne źródła podają różne informacje o długości trwania owej fazy zawieszenia – fragment powieści napisanej dla grupy deweloperskiej przez Marca Laidlaw ustala ją na 10 lat, zaś strona poświęcona grze Half-Life 2: Episode One określa ją jako „prawie dwie dekady” po zakończeniu akcji pierwszej części gry.
Fabuła Na początku gry do Gordona przemawia G-Man, będący częścią wizji podobnej do halucynacji, w której bohater gry wyrwany jest z zawieszenia. Świat został przejęty przez rasę Obcych pod nazwą Kombinat. Gordon spotyka się ze strażnikiem Barneyem Calhounem i udaje się do laboratorium doktora Isaaca Kleinera, ścigany przez ochronę cywilną. Doktor Freeman natyka się w końcu na Alyx Vance, która prowadzi go do laboratorium doktora Kleinera. W laboratorium próba teleportacji Alyx do kompleksu Black Mesa East udaje się, lecz w przypadku Gordona kończy się ona porażką, co więcej – o jego obecności w Mieście 17 dowiadują się Obcy Kombinatu.