Podczas pobytu w Miami wziął udział w nagraniu albumu Layla and Other Assorted Love Songs u boku Erica Claptona. Po koncercie w Miami ich oba zespoły – The Allman Brothers Band i Derek and the Dominos – udały się do Criterii, gdzie podczas jednego z koncertów Clapton zaproponował Allmanowi wspólne nagrania. Allman przyjął ofertę i pojawił się na większości utworów Claptona. Nie opuścił jednak swego zespołu, nawet pomimo oferty stałej współpracy od Claptona. Allmanowie nagrali następnie At Fillmore East, Duane nadal grywał na albumach innych artystów.
29 października 1971 na szosie w Macon uległ wypadkowi na motocyklu, próbując uniknąć zderzenia z ciągnikiem. Motocykl przygniótł go i zmiażdżył organy wewnętrzne. Allman zmarł trzy godziny później na szpitalnym stole operacyjnym, niecały miesiąc przed swoimi 25. urodzinami. Wkrótce po śmierci muzyka Ronnie Van Zant z Lynyrd Skynyrd zadedykował jego pamięci utwór „Free Bird”.
Po pogrzebie Allmana nastąpił okres kilku tygodni żałoby, po którym pięciu członków zespołu kontynuowało grę pod nazwą The Allman Brothers Band.