Ponieważ szkolenie stosowane przez bushi należą do nurtu technik ezoterycznych, to z praktyk stosowanych przez Nyūdō Chōi-sai podawane są ogólne informacje z okresu tych 1000 dni: gorliwie studiował strategie i taktyki wojenne (jap. heihō), w celu pełnego oczyszczenia ciała i umysłu przeprowadzał rytualne ablucje (jap. saikaimokuyoku), co wieczór kłaniał się na ziemi przed ołtarzem (jap. shinzen) Futsu-nushi-no-Ōkami, a następnie recytował szintoistyczne modlitwy oczyszczające (jap. norito, również czytane jako shukushi), oparte na sile duchowej zawartej w słowach (jap. koto-dama) i prosił o wsparcie, a następnie trenował techniki walki (jap. bu-jutsu), każdej nocy o godzinie drugiej w tzw. godzinie krowy ponownie recytował modlitwy norito i modlił się o boski ład na świecie, a następnie o czwartej rano tzw. godzinie tygrysa udawał się do Bishamon-den by recytować modlitwy w intencji Bishamon-ten, wcześnie rano ponownie odwiedzał sanktuarium by dalej kontynuować swoją praktykę i wzmacniać samego siebie. Znany jest fakt umycia przez jego ucznia konia wodą ze źródła płynącego w pobliżu sanktuarium, po którym koń dostał boleści i zdechł. Według tradycji to zdarzenie uświadomiło Chōi-sai, że oddziaływanie Futsu-nushi-no-Ōkami jest realne i ciągle obecne. Kulminacją odosobnienia była wizja (jap.