śródlądowej gospodarki rybackiej i wyceny szkód rybackich, prowadzi poradnictwo projektowe dotyczące rybackich obiektów hodowlanych, produkuje i rozprowadza materiał selekcyjny i obsadowy wybranych gatunków ryb, prowadzi zabiegi diagnostyczne i lecznicze w zakresie chorób ryb, prowadzi działalność informacyjną i wydawniczą (czasopisma naukowe, popularnonaukowe, broszury, książki, foldery itp.).
Organizacja W Instytucie funkcjonuje 15 komórek organizacyjnych: zakładów, pracowni i działów, prowadzących prace naukowo-badawcze i usługowe w zakresie: przyrodniczych podstaw optymalizacji metod chowu i hodowli ryb i raków,ochrony zdrowia ryb, techniki rybackiej, ekonomiki rybactwa, doświadczalnictwa rybackiego, upowszechnianie postępu rybackiego.
Jednostki badawcze zlokalizowane są w Olsztynie, Żabieńcu k. Warszawy, Giżycku, Gdańsku i Rutkach k. Gdańska. Zakłady doświadczalne znajdują się w Żabieńcu i Zatorze koło Krakowa.
Rada Naukowa Instytutu posiada prawo nadawania stopni naukowych doktora i doktora habilitowanego.