Etiopatogeneza thumb|Ciała migdałowate (oznaczone kolorem czerwonym). Przyjmuje się, że uogólnione zaburzenia lękowe mają złożone podłoże obejmujące zarówno czynniki biologiczne, jak i psychologiczne. Badania wskazują na występowanie dziedzicznej skłonności do zachorowania: osoby z rodzin, w których występowały owe zaburzenia, pięciokrotnie częściej zapadają na uogólnione zaburzenia lękowe, niż osoby z rodzin, w których zaburzenia te nie występowały. Wykazano także, że dysfunkcje neuroprzekaźnictwa noradrenergicznego, serotoninergicznego i GABA-ergicznego mają udział w patogenezie zaburzenia – wskazują na to badania nad skutecznością szeregu leków oddziałujących na te rodzaje neuroprzekaźnictwa. U osób z uogólnionymi zaburzeniami lękowymi stwierdza się także wzmożoną aktywność osi podwzgórzowo-przysadkowo-nadnerczowej: nadmierne wydzielanie kortykoliberyny, ACTH i kortyzolu. U 1/3 pacjentów stwierdza się niskie wyniki w teście hamowania wydzielania kortyzolu deksametazonem. Struktury mózgu biorące udział w kształtowaniu nadwrażliwości na bodźce stresogenne, którym przypisuje się udział w etiopatogenezie uogólnionych zaburzeń lękowych to ciała migdałowate i prążkowie – potwierdzają to badania oparte na obrazowaniu struktur mózgu u dzieci i osób w okresie dojrzewania przed ukończeniem 18. roku życia.