1 kwietnia 2007 w skład rządu weszli przedstawiciele Komunistycznej Partii Nepalu (M), którzy objęli w nim 5 stanowisk ministerialnych. 18 września 2007 maoiści wycofali się z rządu Koirali z powodu odmowy uchwalenia przez parlament deklaracji zniesienia monarchii. 30 grudnia 2007 maoiści powrócili do rządu po tym, jak dwa dni wcześniej parlament uchwalił deklarację o zniesieniu monarchii i ustanowieniu Republiki Nepalu po wyborach parlamentarnych w kwietniu 2008. W wyborach tych Kongres Nepalski zajął drugie miejsce, zdobywając 115 mandatów.
28 maja 2008 nowo wybrane Zgromadzenie Konstytucyjne proklamowało Nepal republiką. W dyskusji nad nowym podziałem władzy po wyborach, Kongres Nepalski zaproponował kandydaturę Prasad Koirali na stanowisko pierwszego prezydenta Nepalu. Jednakże największa partia, Komunistyczna Partia Nepalu (Maoiści), sprzeciwiła się tej propozycji. 26 czerwca 2008 w czasie posiedzenia Zgromadzenia Konstytucyjnego Koirala ogłosił swoją rezygnację. Nie mogła ona jednak dojść do skutku, gdyż urząd prezydenta pozostawał nieobsadzony, a konstytucja wymagała akceptacji dymisji rządu przez szefa państwa. 23 lipca 2008, tuż po zaprzysiężeniu nowo wybranego prezydenta Ram Baran Yadava, Koirala przedłożył mu rezygnację swojego gabinetu.