Wojskowa rebelia François Bozizé z czasem zmienił jednak pozycje na scenie politycznej i wystąpił przeciw prezydentowi. 28 maja 2001 w kraju miała miejsce próba zamachu stanu przeciw władzy prezydenckiej, stłumiona dzięki pomocy oddziałów libijskich i kongijskich"CENTRAL AFRICAN REPUBLIC: Situation “confused” after apparent coup attempt", IRIN, 28 maja 2001.. Z powodu swego dwuznacznego zachowania w trakcie rebelii, Bozizé został usunięty ze sztabu armii w październiku 2001.
Walki wybuchły na nowo, gdy siły prezydenckie usiłowały aresztować Bozizé 3 listopada 2001"CENTRAL AFRICAN REPUBLIC: Rebel general, overpowered, flees ", IRIN, 8 listopada 2001.. Próba ta zakończyła się niepowodzeniem, gdyż Bozizé zbiegł na północ, do Czadu"CENTRAL AFRICAN REPUBLIC-CHAD: Regional efforts underway to calm tensions", IRIN, 28 listopada 2001.. Starcia między siłami rządowymi a rebeliantami Bozizé trwały przez cały rok 2002. W październiku 2002 jego oddziały bezskutecznie próbowały opanować stolicę kraju, Bangi.