Takiego rozwiązania nie przyjął jednak protestantyzm, który swój kanon oparł na kanonie hebrajskim, a 7 dodatkowych ksiąg (deuterokanoniczne w katolicyzmie) uznał za apokryfy dodając później jeszcze do nich inne teksty, będące poza kanonem hebrajskim i katolickim. Jednakże te księgi apokryficzne w protestantyzmie cieszyły się w dalszym ciągu dużą powagą i uważane były za nieodbiegające doktrynalnie od kanonu, będące jego integralnym uzupełnieniem. Z kolei księgi uznane w katolicyzmie za apokryfy protestantyzm określa mianem pseudoepigrafów.
Nie jest możliwe ustalenie pełnej listy ksiąg apokryficznych. Tego typu wykazy tworzone już były w starożytności, ale i wtedy nie obejmowały wszystkich pism niekanonicznych, zwłaszcza że przy sporządzaniu tego typu list natrafiano na szereg trudności, np. wiele tych samych tekstów funkcjonowało pod różnymi tytułami, a inne nie były znane szerszemu kręgowi odbiorców, gdyż powstawały np. w niewielkich wspólnotach religijnych. Obecnie uważa się, że apokryfami Starego Testamentu jest ok. 60 pism, a Nowego Testamentu znacznie więcej, przy czym, jak już zostało wspomniane, nie jest możliwe ustalenie nawet przybliżonej liczby wszystkich niekanonicznych pism nowotestamentalnych. Jeden z bardziej znanych dokumentów wczesnochrześcijańskich, tzw.