17 wrzesnia 2026 został pochowany na Powązkach Wojskowych w Warszawie.
Odznaczenia i wyróżnienia 23 września 2006 prezydent RP Lech Kaczyński za zasługi dla niepodległości Rzeczypospolitej Polskiej oraz za działalność na rzecz przemian demokratycznych w kraju, odznaczył księdza Stanisława Małkowskiego Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.. W 2007 jego nazwisko zostało upamiętnione na tablicy poświęconej kapelanom Solidarności, która znajduje się w kościele św. Katarzyny na warszawskim Służewie.
W styczniu 2011 został uhonorowany Nagrodą im. Grzegorza I Wielkiego przyznaną mu przez redakcję miesięcznika „Niezależna Gazeta Polska – Nowe Państwo”. Tygodnik „Warszawska Gazeta” uznał go natomiast za Człowieka Roku 2010. W 2018 został odznaczony Medalem „Pro Bono Poloniae”. Wyróżniony odznaką „Zasłużony Działacz Kultury”. W 2019 otrzymał Krzyż Wolności i Solidarności..
11 listopada 2021, w uznaniu znamienitych zasług w pracy duszpasterskiej, za bohaterską postawę kapelana „Solidarności”, wspierającego słowem i czynem walkę o Polskę niepodległą i sprawiedliwą, stojącego po stronie dobra i prawdy w obronie niezbywalnych praw człowieka, został odznaczony przez prezydenta RP Andrzeja Dudę Orderem Orła Białego.. mały|Ks. Stanisław Małkowski jako laureat Nagrody im Ks.