Publikował też pod różnymi pseudonimami w prasie podziemnej oraz niezależnej („Biuletyn Informacyjny”, „Krytyka”, „Spotkania”, „Tygodnik Powszechny”, „Tygodnik Wojenny”, „Więź”, „Znak”).
Po 1989 został zwolniony z nałożonych na niego przez kurię archidiecezjalną zakazów i skierowany jako wikariusz do pracy w parafii Najświętszej Maryi Panny Królowej Świata na Ochocie. W 1990 został przeniesiony do pomocy w parafii Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny na Muranowie. Od 1992 ponownie bez stałego przydziału.
Działalność w III RP thumb|Ks. Stanisław Małkowski na Krakowskim Przedmieściu w Warszawie (2010) thumb|Grób ks. Stanisława Małkowskiego na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie Po 1989 był wolontariuszem duszpasterstwa więziennego. Pracował nadal jako celebrans pogrzebów na Cmentarzu Komunalnym Północnym w Warszawie oraz jako ksiądz wspomagający w kilku parafiach diecezji warszawsko-praskiej i archidiecezji warszawskiej. Do 2002 był rezydentem na Saskiej Kępie w parafii Matki Bożej Nieustającej Pomocy w Warszawie.