Dyrygent ten namawiał go do pozostania w Anglii z powodu zawieruchy politycznej, jednakże Panufnik zdecydował się na powrót do Polski.
Okres wojenny Podczas okupacji Warszawy przez Niemców w czasie II wojny światowej Panufnik zarobkował razem z innym polskim kompozytorem i swoim przyjacielem Witoldem Lutosławskim w duecie fortepianowym, grając w kawiarniach stolicy. W tym czasie koncerty Polaków i inne większe zgromadzenia ludności były zabronione przez okupanta. Pomimo wojny nie zaprzestał komponowania – powstały wtedy pieśni podziemia (m.in. Warszawskie dzieci, ciesząca się dużą popularnością), Uwertura tragiczna. Na czas powstania warszawskiego razem z matką opuścili stolicę, zostawiając w mieszkaniu wszystkie partytury kompozytora. Po powrocie w 1945 okazało się, że jego nuty wprawdzie przetrwały wojnę, ale już nie lokatorów, którzy zajęli mieszkanie i palili nimi w piecu.