Po wybuchu II wojny światowej od września 1939 do czerwca 1940 roku był sekretarzem wicepremiera i ministra propagandy prof. Stanisława Strońskiego w rządzie gen. Władysława Sikorskiego. W czerwcu 1940 roku nie ewakuował się do Londynu, pozostając w swym paryskim mieszkaniu. Okres okupacji niemieckiej Paryża stanowił jeden z najtrudniejszych w życiu Woźnickiego. Od 1941 roku jako imigrant korzystał ze wsparcia finansowego ze strony Service social d’aide aux emigrants. Po wyzwoleniu Paryża, za pośrednictwem swych francuskich przyjaciół, czynił bezskuteczne starania o przyznanie mu francuskiej emerytury. Pod koniec życia Woźnicki ponownie nawiązał bliższą i ożywioną współpracę z reaktywowanym po wojnie Polskim Towarzystwem Przyjaciół Książki w Paryżu. Zgromadził cenną bibliotekę (ok. 30 tysięcy woluminów) oraz obszerny zbiór rycin, którego część o tematyce polsko-francuskiej (ok. 1,5 tysiąca rycin) w latach 1924–1931 podarował Muzeum Narodowemu w Warszawie. Obszerne archiwum korespondencji i rękopisów Woźnickiego znajduje się w Bibliotece Polskiej w Paryżu.
Nie założył rodziny, żył i umarł samotnie. Zmarł nagle, po nieumyślnym przedawkowaniu leku. Pochowany na Cmentarzu w Montmorency pod Paryżem.