W 1998 Surayud został mianowany dowódcą armii. W tym czasie przeprowadził udaną akcję deportacji birmańskich uchodźców do Birmy, a wojska Tajlandii wzięły udział w misji ONZ w Timorze Wschodnim. W marcu 2002 Surayud przeprowadził jedną z największych operacji początku XX wieku, w której tajskie wojsko przekroczyło granicę z Birmą w celu zniszczenia wytwórni narkotyków. W 2003 został naczelnym dowódcą sił zbrojnych Tajlandii, ale w tym samym roku przeszedł w stan spoczynku.
Kariera cywilna Po opuszczeniu szeregów i przejściu na wojskową emeryturę, Surayud 14 listopada 2003 został mianowany przez króla Bhumibola Adulyadeja członkiem Tajnej Rady. Odegrał też w tym czasie kluczową rolę w nominacji Sonthi Boonyaratkalina na stanowisko dowódcy armii.
Surayud został również dyrektorem Fundacji na rzecz Ochrony Parku Narodowego Khao Yai.
Premier Po przeprowadzeniu we wrześniu 2006 przez generała Sonthi Boonyaratklina zamachu stanu przeciw władzy premiera Shinawatry, Surayud został 1 października 2006 wyznaczony na następcę obalonego premiera. Nominację zatwierdził król.