Aresztowania W grudniu 1944, po rozpoczęciu akcji wysiedlania ludności ukraińskiej do ZSRR, u biskupa pojawiła się radziecka delegacja, która domagała się wydania zgody na wyjazdy księży greckokatolickich do ZSRR. Biskup odmówił, zasłaniając się koniecznością wydania zgody przez Watykan. Nakłaniano go również do wydania odezwy wzywającej do dobrowolnego wyjazdu do ZSRR, oraz do podpisania przez niego również zgody na wyjazd. Biskup Kocyłowski zdecydowanie odmówił.

20 września 1945 biskup Kocyłowski został aresztowany przez UB i osadzony w więzieniu w Rzeszowie na Zamku. Wraz z nim aresztowany został ksiądz Wasyl Hrynyk. Władze komunistyczne próbowały oskarżyć biskupa o współpracę z Niemcami, oraz o dostarczanie chleba ukraińskim więźniom w Przemyślu, ale z braku dowodów zrezygnowały z procesu, i 18 stycznia 1946 przekazały go organom NKWD na granicy w Szeginiach, które osadziły go w areszcie domowym w Mościskach. Był tam zachęcany do przejścia na prawosławie, ale zdecydowanie odmówił. 24 stycznia 1946 został przez żołnierzy Armii Czerwonej odwieziony z powrotem do PrzemyślaКоцило́вський Йосафа́т w: Енциклопедія історії України: Т. 5. Редкол.: В. А. Смолій (голова) та ін. НАН України. Інститут історії України. – Київ 2008, Wyd. «Наукова думка». , s.