Po zakończeniu działań wojennych zajął się biznesem. W latach 1993–1995 kierował fundacją sportową „Junost” z siedzibą w Moskwie, a od 1996 był wicedyrektorem w spółce „Frang”, specjalizującej się w handlu między Rosją a Osetią. Od 1997 do 2000 pełnił funkcję przedstawiciela handlowego Republiki Osetii Południowej w Moskwie. W latach 1999–2001 był doradcą deputowanego Dumy z Osetii Północnej Anatolija Czechojewa. W latach 2000–2001 był dyrektorem generalnym w spółce „Frang”, a następnie kierował ruchem społecznym „Za Osetię”.
Prezydent thumb|240px|Prezydent Kokojty w trakcie podpisywania porozumienia o zakończeniu walk w Gruzji, Moskwa, sierpień 2008 Eduard Kokojty w 2001 wrócił do Osetii Południowej i wziął udział w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze wyborów 18 listopada 2001 zdobył 45% głosów. W drugiej turze, 6 grudnia 2001 zdobył 53% głosów, pokonując Stanisława Kocziewa. Wygrał, wykorzystując efekt świeżości i zniechęcenie społeczeństwa dotychczasowym życiem politycznym państwa i działaniami prezydenta Ludwiga CzibirowaRafał Czachor, Abchazja, Osetia Południowa, Górski Karabach: geneza i funkcjonowanie systemów politycznych, Wrocław 2014, s. 260..