W latach 2001–2004 był dyrektorem państwowej spółki energetycznej CzernoMorEnergo.
Prezydent thumb|Prezydent Bagapsz w trakcie podpisywania porozumienia o zakończeniu działań wojskowych w Gruzji, Moskwa (sierpień 2008) Na początku 2004 Bagapsz powrócił do polityki i był jednym z założycieli partii Zjednoczona Abchazja. W październiku 2004 wziął udział w wyborach prezydenckich. W wyborach z 3 października 2004 jego głównym rywalem był kandydat obozu rządzącego, popierany przez urzędującego prezydenta Władysława Ardzinbę, Raul Chadżymba. Wybory doprowadziły do ostrego kryzysu politycznego w AbchazjiRafał Czachor, Abchazja, Osetia Południowa, Górski Karabach: geneza i funkcjonowanie systemów politycznych, Wrocław 2014, s. 176-178..
Pierwsze sondażowe wyniki wyborów exit poll wskazywały na zwycięstwo Chadżimby na poziomie 61% głosów, daleko przed Bagapszem (22%). W sytuacji przeciągającego się oczekiwania na wynik wyborów, każdy z kandydatów ogłosił swoje własne zwycięstwo.