We wrześniu 2008 ogłosił zamiar ubiegania się przez Abchazję o członkostwo we Wspólnocie Niepodległych Państw, Związku Białorusi i Rosji oraz Organizacji Układu o Bezpieczeństwie Zbiorowym. Podkreślił przy tym, że zgodnie z wolą mieszkańców wyrażoną w referendum, Abchazja nie zamierza przyłączyć się do Rosji.
Na początku listopada 2009 Bagapsz został jednym z pięciu kandydatów w wyborach prezydenckich w grudniu 2009. Bagapsz wygrał z wynikiem 59,4% I turę wyborów, którą przeprowadzono 12 grudnia 2009. Jego główny rywal Raul Chadżymba zdobył 15,4% głosów. Chadżimba odrzucił wyniki wyborów, oskarżając władze o fałszerstwa wyborcze i liczne nieprawidłowości w czasie głosowania. Wybory nie zostały uznane przez społeczność międzynarodową (oprócz trzech państw uznających niepodległość Abchazji) i potępione przez Gruzję. W ich kontroli nie uczestniczyli obserwatorzy z żadnych organizacji międzynarodowych. Obserwatorzy z Rosji i Wenezueli uznali je za „wolne i uczciwe”. 12 lutego 2010 prezydent Bagapsz został oficjalnie zaprzysiężony na drugą kadencję. Ze względu na długą chorobę i leczenie, pozostawał on w zasadzie nieobecny na abchaskiej scenie politycznejRafał Czachor, Abchazja, Osetia Południowa, Górski Karabach: geneza i funkcjonowanie systemów politycznych, Wrocław 2014, s.