W wyborach parlamentarnych w 2016 kierowane przez niego ugrupowanie ponownie wywalczyło najwięcej mandatów, jednak ich liczba zmniejszyła się do 50. 10 marca 2016 złożył wobec prezydenta Michaela D. Higginsa dymisję, pozostając na dotychczasowym urzędzie. Od końca lutego do końca kwietnia 2016 toczyły się negocjacje nad uzyskaniem większości w parlamencie, pierwsze głosowania w Dáil Éireann nie doprowadziły do reelekcji Endy Kenny’ego. 29 kwietnia 2016 doszło do porozumienia, w ramach którego Fianna Fáil zadeklarowała wsparcie dla mniejszościowego gabinetu Fine Gael.
6 maja 2016 za jego wyborem na urząd premiera zagłosowało 50 posłów FG i 9 niezależnych (m.in. z ugrupowania Independent Alliance), przeciw było 49 deputowanych, zaś pozostali (w tym posłowie Fianna Fáil) nie wzięli udziału w głosowaniu, umożliwiając liderowi Fine Gael ponowny wybór na urząd premiera. W swoim drugim gabinecie przejął również kierownictwo resortu obrony.
17 maja 2017 zrezygnował w przywództwa w Fine Gael z początkiem następnego dnia. 13 czerwca 2017 złożył rezygnację ze