18 września 1943 Niemcy zlikwidowali getto, a Żydów zamordowano i wywieziono do obozu zagłady w Sobiborze.
W czasie okupacji niemieckiej w Lidzie znajdowała się siedziba Okręgu "Nowogródek" Armii Krajowej pod dowództwem majora Janusza Prawdzic-Szlaskiego dysponującego siłami około 8 tysięcy polskich partyzantówArmia Krajowa na Nowogródczyźnie i Wileńszczyźnie (1942-1944) w świetle dokumentów sowieckich, wybór, oprac. i wstęp Zygmunt Boradyn, Andrzej Chmielarz, Henryk Piskunowicz, Warszawa 1997Zygmunt Boradyn, Andrzej Chmielarz, Henryk Piskunowicz, Armia Krajowa na Nowogródczyźnie i Wileńszczyźnie (1941-1945), Warszawa 1997.Janusz Prawdzic-Szlaski, Nowogródczyzna w walce 1940-1945, Londyn 1976, 1989. W nocy 17/18 stycznia 1944 Armia Krajowa dokonała udanego ataku na miejscowe więzienie, z którego uwolniono około 70 osób. Akcję przeprowadziło zaledwie 11 ludzi pod dowództwem ppor. Zenona Batorowicza "Zdzisława". Sukces był o tyle spektakularny, że w tym czasie w mieście przebywało 10 tysięcy żołnierzy i policjantów niemieckich.
2 lutego 1945 w publicznej egzekucji dokonanej przez NKWD na skrzyżowaniu ulic ks. Falkowskiego i 3 maja (obecnie Leninskaja i Łomonosowa) został powieszony ppor. AK Jerzy Bokłażec ps. Pazurkiewicz.