Od kwietnia 1950 pracował jako wikariusz w Wolsztynie, Rawiczu i Stęszewie. Przez rok prowadził zajęcia z filozofii w seminarium w Tyńcu, w latach 1953–1958 przebywał na urlopie naukowym, gromadząc materiały do rozprawy habilitacyjnej. Odbył w tym okresie kilka wyjazdów zagranicznych, m.in. do Genui (gdzie głosił referat o kontemplacji u Plotyna), Rzymu i Paryża. We wrześniu 1958 biskup chełmiński Kazimierz Kowalski przyjął go na okres próbny do pracy w swojej diecezji; w grudniu 1960 Eborowicz został do niej inkardynowany. Wykładał patrologię w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, w seminarium pelplińskim był profesorem łaciny, francuskiego i patrologii. W sierpniu 1970 otrzymał godność kanonika honorowego kapituły chełmińskiej w Pelplinie. W listopadzie 1975 habilitował się na Akademii Teologii Katolickiej (rozprawa Dzieje augustyńskiej koncepcji sprawiedliwości Bożej karzącej w historii teologii i filozofii od XVI do XVIII w.).