Przebieg kodowania mRNA U prokariontów ma od końca 5' niekodujące sekwencje liderowe (mogące regulować ekspresję genów), bogata w zasady purynowe sekwencja Shine-Dalgarno (rozpoznawana przez 16S rRNA), po której znajduje się kodon startowy AUG (rzadziej GUG), który jest rozpoznawany przez specyficzny tRNAf, niosący N-formylometioninę – aminokwas początkujący każdą biosyntezę białka bakteryjnego. Po kodonie startowym znajduje się rejon kodujący zakończony kodonem terminacyjnym (UAA, UAG, UGA nie kodują żadnego aminokwasu). Translacja może zacząć się jeszcze w trakcie transkrypcji.
U eukariontów w wyniku transkrypcji powstaje niedojrzałe pre-mRNA, zawierający sekwencje kodujące – eksony i niekodujące – introny. Zaraz po rozpoczęciu transkrypcji, na końcu 5' dodawana jest czapeczka, a podczas terminacji transkrypcji, w większości przypadków dodawany jest ogon poli-A na końcu 3′. W trakcie transkrypcji rozpoczyna się już obróbka posttranskrypcyjna pre-mRNA, w trakcie której wycinane są introny (splicing) i dochodzi do połączenia eksonów. Tak powstały dojrzały mRNA jest transportowany z jądra do cytoplazmy, gdzie jest matrycą do syntezy białka. Nie zawiera on sekwencji Shine-Dalgarno, ponadto u eukariontów nie występuje N-formylometionina, a pierwszym aminokwasem powstających białek jest niemodyfikowana metionina.