Wbrew woli ojca, który młodszego syna przeznaczył do pracy na roli, obaj po ukończeniu szkoły elementarnej w Szczyrzycu, prowadzonej przy klasztorze cystersów, kontynuowali naukę w Gimnazjum św. Jacka w Krakowie. Matka raz w miesiącu chodziła do synów pieszo ponad 70 km z Poręby do Krakowa, niosąc im w tobołku produkty żywnościowe. Jej poświęcenie i oddanie dzieciom w powieści Matka opisał jeden z czołowych przedstawicieli Młodej Polski Ignacy Maciejowski, pierwszy literacki opiekun Orkana, późniejszy przyjaciel pisarza.
W gimnazjum budził sensację swym góralskim pochodzeniem, ciesząc się jednocześnie dużą sympatią kolegów.
Angażował się bardzo w działalność wielu kółek szkolnych, uczęszczał na zebrania tajnych organizacji niepodległościowych i dużo czytał. Swoje pierwsze utwory zaczął publikować w czwartej klasie. Ponieważ władze austriackie nie zezwalały uczniom na tego typu działalność, pisał pod pseudonimem Orkan, co oddawało jego buntownicze nastroje.
W tak intensywnie prowadzonym życiu brakowało miejsca na naukę i siódmą klasę ukończył z czterema ocenami niedostatecznymi, z pozostałych przedmiotów, łącznie z językiem polskim, mając zaledwie trójki.