Latem 2006 Lazio wykupiło Nigeryjczyka za 3,3 miliona euro i Makinwa trafił pod skrzydła swojego niedawnego trenera z Atalanty, Delio Rossiego. W Lazio już w debiucie zdobył gola, 10 września w przegranym 1:2 meczu z A.C. Milan, jednak od początku sezonu miał trudności z wywalczeniem miejsca w składzie i na ogół jest rezerwowym dla Tommaso Rocchiego czy Gorana Pandeva. Rundę wiosenną sezonu 2007/2008 Makinwa spędził na wypożyczeniu w Regginie Calcio, a po zakończeniu rozgrywek powrócił do Lazio.
22 stycznia 2009 roku Makinwa został wypożyczony do Chievo Werona. Sezon 2009/2010 spędził w Lazio, jednak zagrał tylko w 2 meczach Serie A. Latem 2010 wypożyczono go do Larisy.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Nigerii Stephen Makinwa zadebiutował 17 listopada 2004 w przegranym 1:2 meczu z RPA i w debiucie uzyskał honorowego gola dla „Super Orłów”.
W 2006 roku Makinwa był członkiem kadry Nigerii na Puchar Narodów Afryki 2006. Najpierw zagrał w grupowym meczu z Senegalem (2:1), a potem w ćwierćfinale z Tunezją (1:1, karne 6:5). W półfinałowym meczu z Wybrzeżem Kości Słoniowej wszedł na boisko w 63. minucie, ale nie pomógł rodakom w uniknięciu porażki 0:1. W meczu o 3.