W rządzie prawie na samym początku zaczęło dochodzić do konfliktów pomiędzy Nadżibem a Gamalem Naserem. Spór dotyczył przede wszystkim celów, jakie rewolucyjny rząd powinien realizować. Nadżib popierał demokratyzację życia politycznego w państwie. Uważał, że armia powinna wycofać się z życia politycznego i ograniczyć swoją działalność jedynie do zadań obronnych. Umożliwiłoby to przywrócenie rządów cywilnych w kraju. Naser natomiast uważał, że demokracja i wycofanie armii z życia politycznego umożliwią radykalnym siłom muzułmańskim (np. Bracia Muzułmańscy) zwiększenie swoich wpływów i przejęcie w przyszłości władzy. Wpływy Nadżiba w rządzie bardzo szybko malały, aż postawiono mu ultimatum: mógł przejąć absolutną władzę, albo zrezygnować. 25 lutego 1954 ogłoszono rezygnację Nadżiba z funkcji prezydenta. Po masowych demonstracjach decyzję co prawda anulowano, ale dni Nadżiba były policzone. Stracił bowiem funkcję premiera na rzecz Nasera. W listopadzie 1954 Nadżib zrezygnował z prezydentury.